Die Orte Pfaffenweiler und Herzogenweiler bildeten bis in das 12. Jahrhundert eine eigene Mark, die "Wiler" hieß und vermutlich zur Urmark Klengen gehörte, deren Königsbesitz 817 ausgewiesen war.
Zwischen 1134 und 1200 wird die Mark getrennt.
Ein Teil ging als Schenkung an das Kloster Salem (Gründung 1134) und erhielt den Namen "Pfaffenweiler".
Um 1200 wird erstmals im St.Galler Urkundenbuch die Kirche
ecclesia de Phaphinwiller
genannt, die vermutlich damals schon
St. Peter
geweiht war. Er wird 1365 als Patron erwähnt.
Dies läßt vermuten, daß die Zähringer Herzöge die Kirchengründer waren, denn ihr Patron war der heilige Petrus.
1208 wird die Kirche in Herzogenweiler erwähnt.
1239 erscheint erstmals der Name "Wilare" in Büchern des Klosters Salem.
1275 erscheint dieser Name im Diözesanbuch Freiburg, Band 1 - "Wilare", gelegen im "silva nigra", Schwarzwald.
1324 erfolgte endgültig die Inkorporation beim Kloster Salem, woran heute noch das Wappen erinnert.
1444 Der Benediktinerabt des Klosters Reichenau belehnt Hans Asman mit drei Gütern in Pfaffenweiler.
1464 muß die Pfarrei zum Kloster St. Georgen gehört haben, denn es wird von der Amtseinführung des Pfarrers Andreas Hiltgart durch den Abt des Klosters St. Georgen berichtet.
Bis zur Säkularisation verblieb die Pfarrei bei diesem Kloster, dessen Sitz später in Pforren (Villingen) war. Am 30. April 1600 hat Weihbischof Sigmund von Konstanz, Titularbischof zu Schönenstatt und Metropolit einen Altar zur
Hl. Dreifaltigkeit
geweiht.
Ein Taufbuch von 1633, ein Ehebuch von 1668 und ein Firmbuch von 1695 sind Zeugen eines regen Pfarreilebens.
Die Häringshöfe zu Pfaffenweiler, die ein Lehen des St. Katharinenklosters waren, werden 1655 verkauft.
Auch das Kloster St. Gallen hatte zu dieser Zeit ein Lehen in Pfaffenweiler.
Bis 1777 wechselten die Besitzverhältnisse und Lehen zwischen Äbten und Bischöfen.
Vielleicht läßt sich daraus der mehrmalige Umbau der Kirche erklären.
Der Bau vor dem jetzigen stammte aus dem Jahr 1720.
Mit dem Ende des Klosters St. Georgen kam 1806 die Pfarrei zur Stadtpfarrei Villingen und wurde zur Pfarrei "ex currendo", also ohne Pfarrer am Ort.
Bereits 1807 wurde der Ruf nach Selbständigkeit wach.
Es sollte ein Pfarrhaus gebaut werden, Mittel waren jedoch keine vorhanden.
Erst 1849 wird im Ordinariat von einem Baufond mit jährlich 250 Gulden Hand- und Spanndiensten berichtet.
1865 war August, Pfarrer von Villingen (Pfaffenweiler), Vöhrenbach (Spitalhöfe) und Kirchdorf (Häringshöfe) mit der Abtrennung der Pfarrei Pfaffenweiler einverstanden, indem er den Verzicht auf die Einnahmen erklärte.
1869 wird unter Pfarrer Alberik Schmalzl in Pfaffenweiler wieder eine Pfarrei errichtet.
Herzogenweiler wird ihr zugeordnet, das vorher zur Pfarrei Vöhrenbach gehörte.
Der neuen Pfarrei wurden auch die Häringshöfe und Spitalhöfe mit dem Käshof zugeteilt.
Nach der Grundsteinlegung 1965 wurde am 22. Oktober 1967 die neue Pfarrkirche "Hl. Dreifaltigkeit" unter Pfarrer Bruno Schoske durch Weihbischof Karl Gnädinger, Freiburg, eingeweiht. Das neue Kirchenschiff wurde um 90° gedreht an den alten Kirchturm angebaut.
Von der alten Kirche ist nur noch die Turmkapelle erhalten.
